Una vez que seas absorbido por el ordenador, Sora, Donald y Goofy serán capturados por MPC. Tras una breve  secuencia, te encontraras en una celda completamente cerrada. Tras la charla con Tron, dirígete a la puerta y atácala con la llave. Esto hará que suelte clústers, lo que hará que la barra para habilitar el Comando de Reacción se llene. Tras reunir los clústers necesarios, utiliza el Comando de Reacción "Colgar" y quedarás libre de la celda. Tras la escena, dirígete hacia el norte y abre el cofre, que contiene el mapa de la zona. Dirígete a la especie de ascensor que hay a continuación y tras una escena serás transportado a el siguiente área.

Continúa el camino y gira a la derecha en la primera sala, en ella comenzara un minijuego bastante fácil.

Para reestablecer la energía, debes encontrar el cubo de color rojo y golpearlo, el cubo se mezcla entre varios, quegiran a gran velocidad, para encontrarlo tienes 2 minutos. Es fácil de realizar si te fijas con cuidado en la posición del cubo rojo (que cambia de color cuando gira junto a los demás).

Una vez has restablecido la energía debes volver a la celda. Tras varias escenas, volverás a la sala de base de datos, donde se encuentra Leon. Tras varias escenas dirígete a las notas en la pared. Tras otras escenas, vuelve al ordenador y ve a Espacio Paranoico.

Más tarde , entraras de lleno en otro divertido minijuego, esta vez, de Motocicletas de Luz.

El minijuego es difícil si eres algo lento de reflejos o te pones nervioso con facilidad El primer objetivo del minijuego es sencillo, debes derrotar tantos enemigos como te indica. Para ello debes usar los botones indicados para atacar con la espada, golpear o utilizar el escudo de la motocicleta, según más te convenga. Tus enemigos (sincorazones) también pueden usar lo mismo, por lo que debes usar el botón que mas te convenga en cada momento. En ciertos momentos, te encontrarás de cara a una pared, y te daran una posible direcciona la que cambiar, para no hacerte pedazos contra la pared. Estas direcciones estan orientadas a los botones L1 (Izquierda) y R1 (Derecha), que debes pulsar según se te indique.

La segunda parte del minijuego (y ultima) es Supervivencia, debes llegar a una brecha creada por un sincorazón sin perecer en el intento. Es mas larga que el anterior, y también mas peligrosa, con mayores obstáculos y enemigos, pero si mantienes la calma no tendrás muchos problemas.

Una vez que llegas a la brecha, volverás al Cañón (el lugar donde tuviste que reponer la energía). Sube las escaleras y te encontrarás en una sala llena de pantallas, una vez que toques los mandos principales comenzará una batalla.

El objetivo es desbloquear las pantallas, y para ello debes realizar el comando especial en ellas. Pero como pasó con la puerta de la celda, esta no se llena si no tienes suficientes clústers, y para conseguir clústers debes derrotar sincorazones, que no pararán de salir mientras la batalla dure. Tienes dos minutos para desbloquear todas las pantallas.

Una vez que lo hayas hecho, observa una escena más. Tras ella, sal de la habitación y coge el ascensor de la derecha. Dirígete a la sala del fondo y una vez allí, gira hacia la sala de comunicaciones. Tras varias escenas, debes preparar tu equipo y pociones, porque deberás enfrentarte a un Jefe, “Programa Hostil”.

Jefe: Programa hostil.

VT: 640

“Programa hostil” es sencillo si sabes reservar tus fusiones y PM. Pero lo mas útil es si realizas un Comando de Reacción sobre él, el cual, como ocurrió en anteriores ocasiones, puedes hacerlo si consigues suficientes clusters. Los clústers los consigues golpeándole, así que una vez que le has hecho una vez el comando, con los golpes que le das llenas parte de la barra de reacción, por lo que el jefe baja su peligrosidad drásticamente si sabes usar esta táctica con cuidado. Programa hostil usa ataques a distancia, muchos de ellos difíciles de evitar, por eso es mas que conveniente que te equipes con pociones y algun objeto para las fusiones.

Una vez que le derrotes, vuelve a la sala de comunicaciones. Tras la escena volverás a la sala de base de datos, junto a Leon.