Como ya mencione al principio sobre esta nueva aventura, el grupo de Sora se reencontrara con viejos amigos de sus viajes anteriores. Ademas, la isla de Lilo y Stitch ("Isla Paraíso") sera la nueva "base de operaciones", como lo fueron "Ciudad de Paso" en el primer juego y "Bastión Hueco" en el segundo. Y como ocurrió entonces, Sora y compañía se verán aquí con varios personajes curiosos de diversas partes, algunos de los cuales ya conoce. El primer encuentro se produce cuando el trío vuelve momentáneamente a la Isla de Lilo y Stitch. Paseando por la playa, ven que desde una habitación del hotel "Pájaros del Paraíso" están saltando chispas de colores. Rápidamente corren a investigar pensando que sea otro experimento. Pero su sorpresa sera mayúscula cuando descubran que en realidad es su viejo amigo y maestro de la magia: ¡Merlín!.



"¿Pero qué demonios hace Merlín aquí?", os preguntareis. Pues muy sencillo, esta haciendo lo mismo que cualquier persona mayor que quiera ir a Hawai: esta de vacaciones. ¿No os lo creéis?, pues quizás deberíais recordar un par de cosas sobre el asombroso Merlín.

En la película de "Merlín, el encantador", cerca del final, Merlín y Grillo (el futuro rey Arturo) tuvieron una discusión. Pese a que Merlín le había enseñado muchas cosas a Grillo para que llegase a ser alguien con futuro, Grillo solo quería llegar a ser escudero y al final lo consiguió. Aquello hizo que Merlín perdiera los nervios y antes de que se dejase llevar, Merlín salio disparado como un cohete y desapareció volando en el cielo mientras gritaba "¡Me largo a las Bermudas!". Más tarde, cuando Grillo fuera coronado como el rey Arturo, Merlín reapareció como un rayo mágico ante la llamada del asustado joven. Lo más curioso es que, cuando apareció, Merlín venia vestido con ropas modernas de verano y comentando que había vuelto de las Bermudas y del siglo XX. ("Aquello es un caos tecnológico y un desastre ultramoderno", según dijo él).

Eso demuestra que Merlín es capaz de viajar por el tiempo y que estuvo en algún momento en nuestra época. Y por si no lo recordáis, en Kingdom Hearts II hay cierto momento en el que hablamos con Merlín en el nuevo "Bastión Hueco" y de repente aparecemos por arte de magia en el "Castillo Disney". Eso demostraría que Merlín es capaz de viajar por los mundos por su propia cuenta. Bien, como en las aventuras anteriores, Merlín sera una gran ayuda para el equipo de Sora en este nuevo viaje. Nada mas conocer la triste situación de nuestros amigos, Merlín no duda en ofrecer su ayuda en todo lo que pueda hacer. Una de ellas sera que viajaremos a algunos mundos con su ayuda.

Entre los cientos de libros de Merlín, Sora se sobresalta cuando descubre algunos que hablan de personajes que él conoce (como Hércules y Tarzan). Merlín nos explica que este mundo esta vinculado, de una forma o de otra, con otros mundos diferentes; incluidos algunos de los que visito Sora en el pasado. Eso sobresalta a nuestro joven héroe, pues si están vinculados a este mundo, los Sincorazones podrían viajar a través de él para llegar a ellos e invadirlos. Merlín sugiere al grupo que si en algún momento de su viaje se encuentran con algo mágico y sospechoso, que no duden en traerselo para que él lo estudie. Es aquí donde entrara en acción los restos del ídolo "Tempus Simia", de los que Sora recogió tras haber conocido a Kim Possible.

Cuando nuestros amigos le llevan los restos a Merlín, este descubre algo alarmante. Drakken usaba el ídolo para traer a Sincorazones desde otros lugares del pasado y formar un ejercito aquí. ¡¡Y esos lugares están vinculados con otros mundos!!. Por suerte, cuando el ídolo fue destruido, las puertas del tiempo y el espacio que abrió el ídolo fueron selladas. Pero el daño esta hecho y los Sincorazones andan sueltos por el pasado, poniendo en peligro el presente. Usando lo que queda del ídolo, Merlín rastrea su magia para encontrar a los Sincorazones, los cuales estarán centrados en cuatro puntos clave del pasado. Con la magia del "Tempus Simia" y sus libros, Merlín nos abrirá unos portales mágicos con los que viajaremos al pasado para arreglar el caos que están provocando los Sincorazones. Todos esos mundos resultaran ser de los que ya conoce Sora: la Selva Profunda, la Antigua Grecia, el reino de Atlántica y la ciudad de Agrabah. Y naturalmente, al ser un viaje por el tiempo y el espacio, llegaremos a esos mundos cuando ocurren los acontecimientos de sus correspondientes series.

Y antes de empezar con esos viajes, Lilo nos pedirá ayuda de nuevo. Parece ser que cuatro de los primos de Stitch han crecido de tal manera que se han convertido en gigantes. Como consecuencia, no pueden encontrarles un hogar porque son demasiado grandes para que puedan pasar desapercibidos entre la gente. Así que tendremos que buscarles su hogar a esos cuatro experimentos gigantes en los mundos del pasado que visitaremos, donde les sera más fácil encontrar un hogar sin que llamen la atención. Y como no, esos experimentos también nos ayudaran a encontrar piezas para reparar la Nave Gummi.